去年冬天在呼和浩特做CoIP，呼和浩特零下十八度，实验实验室暖气烧得过头，呼和浩特穿短袖都冒汗。实验但真正让我头疼的呼和浩特不是温差，是实验蛋白。
CoIP这东西，呼和浩特说白了就是实验用抗体把目标蛋白从细胞裂解液里"钓"出来，再看它跟谁黏在一起。呼和浩特道理简单，实验做起来处处是呼和浩特坑。我们在呼和浩特做的实验这批样本来自当地一家医院的临床组织，冻存时间超过两年，呼和浩特蛋白降解程度参差不齐。实验第一次跑WB验证，呼和浩特目标条带弱得跟没睡醒似的，非特异条带倒是热闹得很。
问题出在裂解液配方上。常规RIPA对冻存组织太温和了，细胞膜碎不彻底，核蛋白释放不出来。我换成含1% SDS的高强度裂解液，补加了新鲜配的PMSF和磷酸酶抑制剂cocktail。这里有个细节：PMSF半衰期短得离谱，在室温下几十分钟就失效，必须现用现加。之前偷懒提前混好，等于白加。
抗体选择也折腾了一轮。国产抗体便宜，但批间差异大，同一管样本两次结果对不上。后来换了CST的进口抗体，效果立竿见影，代价是一管抗体抵我半个月伙食费。孵育条件从4度过夜改成室温两小时，背景反而更干净——有些抗体就是这样，低温孵育时间长，非特异结合反而多。
洗珠子那步最考验耐心。每次用预冷的PBS洗四到五遍，吸上清时枪头不能碰到珠子上，碰一次非特异蛋白就带进来了。有次赶时间少洗了一遍，结果质谱打出来一堆热休克蛋白和角蛋白——角蛋白基本就是操作过程中手上沾进去的。
呼和浩特这边的水质偏硬，配缓冲液得用Milli-Q水，普通去离子水钙镁离子高，会影响抗体结合效率。这个坑我是被师兄提醒才避开的，他之前在这边做实验吃了亏。
最后跑出来的结果还算能看。目标蛋白在实验组拉下来两条互作蛋白，对照组没有。质谱鉴定确认了一个是细胞骨架相关蛋白，另一个是信号通路里的激酶。后续做了反向CoIP验证，能对上。这批数据后来发了一篇中等分量的文章，不算惊艳，但每一步都是自己踩坑踩出来的。
做CoIP没什么捷径。抗体、裂解液、洗脱条件，每个变量都能让结果翻车。呼和浩特冬天冷，但实验室里该注意的细节一个都不能少。珠子洗完最后一遍，吸干上清那一下，手稳不稳，结果好不好，全在那一枪头。